臺灣腦庫協會的使命是讓民眾理解建置臺灣人的腦庫及腦疾病防治的重要性，支持「臺灣腦庫」的永續運作為本會成立宗旨，推動捐腦理念，促進腦科學研究，期許能為國人的腦疾病治療提供貢獻。因為台灣即將於2025年邁入超高齡社會，面對腦神經退化疾病（失智症、阿茲海默症、巴金森氏症⋯等）、腦血管病變以及神經罕病（小腦萎縮、漸凍人、亨丁頓舞蹈症、類澱粉神經病變、瑞特氏症⋯等）都是各界重視的議題和找出因應之道。